--- title: "PCR" titulo: "Diagnóstico por PCR" carpeta: "06-Como-Lo-Diagnostican" tipo: nota-tematica estado: borrador evidencia: capa-A fecha-creacion: 2026-05-10 fecha-revision: 2026-05-10 tags: [PCR, RT-PCR, diagnostico, molecular, laboratorio, sensibilidad, especificidad] relacionadas: - "[[06-Como-Lo-Diagnostican/02-Serologia]]" - "[[06-Como-Lo-Diagnostican/06-Tiempos-de-Deteccion]]" - "[[06-Como-Lo-Diagnostican/05-Limitaciones-Diagnosticas]]" - "[[04-Es-Nuevo/01-Situacion-2026]]" --- # Diagnóstico por PCR  > **Resumen:** La RT-PCR es la herramienta diagnóstica de mayor especificidad para el Hantavirus, capaz de identificar la variante viral exacta y detectar el virus antes de que la respuesta serológica sea detectable. Su limitación principal es la ventana de positividad: solo es confiablemente positiva durante la viremia activa, que corresponde a la fase prodrómica y los primeros días de la fase cardiopulmonar o hemorrágica. --- ## Fundamento técnico La **RT-PCR** (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) detecta el **ARN viral** del Hantavirus directamente en muestra biológica. Dado que el Hantavirus es un virus ARN de cadena negativa, el primer paso es la transcripción inversa a ADN complementario (cDNA), que luego se amplifica por PCR. ``` ARN viral en muestra ↓ transcriptasa inversa ADNc (copia del genoma viral) ↓ PCR / qPCR amplificación → detección ``` El genoma del Hantavirus tiene tres segmentos: L (large), M (medium) y S (small). Las PCR diagnósticas típicamente amplifican: - **Segmento S** (nucleocápside): más conservado entre variantes — útil para detección amplia del género - **Segmento M** (glicoproteínas): más variable — útil para identificar la variante específica - **Combinación S + M**: estrategia de mayor cobertura en centros de referencia --- ## Muestras adecuadas | Muestra | Adecuada | Comentario | |---|---|---| | Suero o plasma | Sí — preferida | Máxima carga viral en fase prodrómica | | Sangre entera con EDTA | Sí | Alternativa si no se puede centrifugar | | Células mononucleares (PBMC) | Sí — alta sensibilidad | Requiere procesamiento adicional | | Tejido pulmonar (autopsia) | Sí | Útil en casos fatales sin diagnóstico ante mortem | | LBA (lavado broncoalveolar) | Sí | En síndrome pulmonar severo establecido | | Orina / heces | No recomendada | Carga viral nula o despreciable | La muestra ideal es **suero o plasma tomado en los primeros 7 días desde el inicio de síntomas**, durante la viremia activa. --- ## Sensibilidad y especificidad | Parámetro | Valor típico | Condición | |---|---|---| | Sensibilidad (días 1–7 de síntomas) | 70–100% | Depende de carga viral y calidad de muestra | | Sensibilidad (después del día 10) | 20–50% | La viremia cae al desarrollarse la respuesta inmune | | Sensibilidad en fase tardía | < 10% | PCR negativa aunque el paciente esté infectado | | Especificidad | > 99% | Falsos positivos prácticamente inexistentes con primers validados | Un resultado **negativo de PCR no descarta Hantavirus** si la muestra fue tomada tardíamente. En ese escenario, la serología es más informativa. Ver → [[06-Como-Lo-Diagnostican/06-Tiempos-de-Deteccion]] --- ## Primers por región: un punto crítico Los laboratorios de referencia usan primers diseñados para las variantes circulantes en su zona: | Región | Variantes objetivo | Riesgo si los primers no coinciden | |---|---|---| | Cono Sur (Argentina, Chile) | Andes virus y linajes | Falso negativo en laboratorio sin primers de Andes | | Brasil | Araraquara, Juquitiba, múltiples | Idem — alta diversidad requiere panel amplio | | EE.UU. / Canadá | Sin Nombre, Bayou, Black Creek Canal | CDC mantiene panel validado multi-variante | | Europa | Puumala, Dobrava | ECDC red de laboratorios de referencia | Un laboratorio que solo tenga primers para Sin Nombre puede dar **falso negativo** en un caso de Andes virus — situación relevante para viajeros y zonas de frontera. --- ## RT-PCR cuantitativa (qPCR) vs. convencional | Característica | PCR convencional | qPCR | |---|---|---| | Resultado | Positivo / Negativo | + cuantificación de carga viral | | Velocidad | 4–8 horas | 2–4 horas | | Riesgo de contaminación | Mayor (electroforesis abierta) | Menor (sistema cerrado) | | Disponibilidad en baja complejidad | Mayor | Menor | Para diagnóstico de rutina en zonas endémicas, la PCR convencional con primers validados es adecuada. La qPCR es preferible en investigación y seguimiento. --- ## PCR para tipificación en brotes En investigación de brotes, la secuenciación del amplicón permite: 1. **Confirmar cluster:** secuencias >99% idénticas sugieren origen común 2. **Identificar la fuente:** comparar secuencias de casos humanos con las de roedores capturados en la zona 3. **Detectar variantes inusuales:** secuencias que difieren significativamente de las históricas de la región Este uso fue determinante en Epuyén (2018–2019): la identidad de secuencias entre casos relacionados epidemiológicamente confirmó la transmisión interpersonal. --- ## Implicaciones para 2026 La expansión de plataformas RT-PCR post-COVID en muchos países puede haber aumentado la **capacidad diagnóstica real** para Hantavirus. Un aumento en el número de casos confirmados podría reflejar parcialmente mayor detección, no solo mayor incidencia. Ver → [[04-Es-Nuevo/01-Situacion-2026]] --- ## Fuentes y nivel de evidencia | Fuente | Capa | Notas | |---|---|---| | Jonsson CB et al. *A Global Perspective on Hantavirus Ecology, Epidemiology, and Disease*. Clin Microbiol Rev. 2010 | A | Revisión de métodos diagnósticos incluyendo PCR | | Padula PJ et al. *Hantavirus disease outbreak in Argentina*. Virology. 1998 | A | Desarrollo y validación de primers para Andes virus | | Ferres M et al. *Prospective evaluation of household contacts of persons with hantavirus cardiopulmonary syndrome*. J Infect Dis. 2007 | A | Uso de PCR en investigación de transmisión | | CDC. *Hantavirus — Clinical Laboratory Testing*. cdc.gov | B | Guía operativa de diagnóstico de laboratorio | --- ## Conexiones salientes - [[06-Como-Lo-Diagnostican/02-Serologia]] — complemento cuando la viremia ha declinado - [[06-Como-Lo-Diagnostican/06-Tiempos-de-Deteccion]] — cuándo usar PCR vs. serología en el curso clínico - [[06-Como-Lo-Diagnostican/05-Limitaciones-Diagnosticas]] — falsos negativos y sus causas - [[04-Es-Nuevo/03-Nuevas-Variantes]] — tipificación por secuenciación como herramienta de vigilancia